Promoter预测
Promoter预测（基于Promoter2.0 and Galaxy PhagePromoter）
Promoter（启动子）简介：
启动子是一段位于转录起始位点 5’ 端上游区的 DNA 序列，能活化 RNA 聚合酶，使之与模板
DNA 准确地结合并具有转录起始的特异性。转录起始位点（Transcription Start Site，TSS）是指与新
生 RNA 链第一个核苷酸相对应 DNA 链上的碱基，研究证实通常为一个嘌呤。常把起点前面、即
5’ 端的序列称为上游序列（upstream），而把其后面、即 3’ 端的序列称为下游序列（downstream）。
在描述碱基的位置时，一般用数字表示，起点为 +1, 下游方向依次为 +2,+3,⋯⋯，上游方向依次
为-1,-2,-3⋯⋯序列的书写方向通常是固定的，使转录从左（上游）向右（下游）进行，mRNA 同样
按照 5’→3’ 方向书写。[1]
维基百科：启动子
医学百科：启动子
promoter2.0介绍：
从DNA序列预测真核PolII启动子的新方法利用类似于神经网络和遗传算法的元素组合来识别一组具有可变分离的离散子模式作为 ...
ORF预测
基因序列ORF分析（基于EMBOSS）
ORF介绍:
开放阅读框（Open Reading Frame，ORF，开放阅读框架、开放读架等）是指在给定的阅读框
架中，不包含终止密码子的一串序列。这段序列是生物个体的基因组中可能作为蛋白质编码序列的
部分，包含从 5’ 端翻译起始密码子（AUG）到终止密码子（UAA、UAG、UGA）之间的一段编码
蛋白质的碱基序列。由于一段 DNA 或 RNA 序列有多种不同读取方式，因此可能同时存在许多不同的开放阅读框架。
对于任何给定的核酸序列，根据密码子的起始位置，可以按照三种方式进行解释，其反向互补 序列又含有三种。因此，一条 DNA 序列可以按六种框架阅读和翻译。ORF 的识别需要检测这六个 阅读框架并决定哪一个包含以起始密码子和终止密码子为界限的 DNA 序列而其内部不包含终止密 码子，识别出蛋白质序列最长的 ORF。长的 ORF 往往不是偶然发生的，所以在任何阅读框中存在 300bp 或更长的未中断的编码序列是判断一个基因的重要依据。
一个 ORF 存在一个潜在的编码序列（Coding DNA Sequence，CDS），不同的 ORF 翻 ...
CRISPR/Cas9基因工程
什么是CPISPR和Cas？
CRISPR的全称是clustered regularly interspaced short palindromic repeats，就是“成簇规律性间隔短回文重复序列”，你将很快知道它的含义；Cas是一个蛋白质大家族。在生物学里，所谓的蛋白质“家族”，可以简单地理解为彼此之间结构甚至功能比较相似的很多种蛋白质组成的集合。
CPISPR历史
1987年，石野良纯(Ishino Yoshizumi)等人在研究大肠杆菌的一个基因(iap)时，无意间发现了一段紧接着这个基因的“无法确定功能”的DNA（如图所示）。研究者注意到这段DNA同时具有如下特征，同时具有所有这些特征的DNA是以前的研究中从未发现的：
1 这段DNA中的一些小片段具有几乎相同的碱基排列方式（其中一条链是CGGTTTATCCCCGCTRRCGCGGGGAACTC）。但它们并不首尾相接，而是被另外一些排列方式多变的DNA隔开，就好像是准备好很多条相同的小段，然后把它们均匀地插入了一段杂乱排列的DNA一样。这些序列称为重复序列(repeat)，而把它们隔开的杂乱排列的DNA称为间 ...
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政治经济学
资本1.0（简单商品经济时期）
一般商品经济（在资本出现之前），4个对子，1个规律
商品一定是劳动产品
一、使用价值与价值关系：
使用价值——具体劳动——自然关系
价值——抽象劳动——社会关系
对立统一：对人来说，使用价值与价值不能兼得；
对商品来说，价值寓于使用价值，具有统一性。
辨析：有价值一定有使用价值，但有使用价值不一定有价值（如‘空气‘）。
二、具体劳动与抽象劳动（注意词的一一对应）
具体劳动生产使用价值，具有自然属性；
抽象劳动生产价值，具有社会属性
劳动二重性决定商品二因素
三、货币于商品：
关于货币：1.本质为一般等价物
2.本身具有价值
3.货币天然是金银，但金银不一定是货币。
货币世界后的商品经济两极：
商品：只表现使用价值——货币：只表现价值
货币的出现确实有利于交换，但并没有解决矛盾。
四、私人劳动与社会劳动：——是商品经济时期最根本的矛盾，单选出现必选它
私人劳动：生产资料私有决定——社会劳动：是社会总劳动的一部分
通过交换解决矛盾（注：矛盾只能解决，而且解决的是方式，矛盾不能调和）。
商品无法交换则矛盾无法解决。——商品劳动者的劳动具有两重性（私人与社会）， ...